近年来，国家组织实施的牧区开发示范工程、天然草原恢复与建设工程、无鼠害示范区和牧草种子基地建设等一批草原重大项目，虽然取得了显著成绩，但仍存在一些困难和问题，主要表现在以下几个方面：一是草原“三化”的局势还没有得到有效遏制，草原基本草场保护制度、划区轮牧禁牧休牧制度和草畜平衡制度还未得到很好落实，围栏封育、人工种草、舍饲圈养的数量还比较小；二是项目配套资金缺口较大，到位率低，扶持力度不够；三是项目运作机制不灵活，特别是在科技创新、机制创新和管理创新方面没有大的突破；四是宣传力度不够，基层干部和广大农牧民对天然草原恢复与建设、草原生态环境保护重要性的认识有待进一步提高；五是牧区畜牧业结构调整进展较慢，牲畜出栏率、商品率相对较低，特色、优质畜产品的比重明显偏小；六是草原监理机构不健全，专职人员少，力量薄弱，执法经费没有保障，执法手段落后。这些困难和问题，在一定程度上制约了项目的顺利开展，影响了项目的进度和投资效益。